如果經營者經營不當，在擁有煙草專賣許可證的過程中有違法等行為，發證機關也就是煙草專賣局，可以責令持證人暫停煙草經營業務并進行整頓，直到依法取消其從事煙草專賣業務的資格。

存在有下列情形之一的，將會被發證機關予以懲處：

1.在煙草專賣局工作人員實地審查等后，發現不符合煙草專賣法、實施條例和本辦法規定條件的；

2.非法轉讓煙草專賣許可證，如買賣、出租、出借等其他形式；在我國煙草證是絕不允許被轉讓的；

3.經營者因為違法生產經營煙草，在1年內被煙草專賣局或其他執法機關處罰兩次以上的；

4.如果經營者被一次性查獲假煙或走私煙50條以上的；我國零售的煙草都是統一配定的；

5.經營者被追究刑事責任，因為非法生產經營煙草專賣品；

6.在明知自己的行政處罰，但是不執行煙草專賣局處罰決定的；

7.因經營不善被工商行政管理部門吊銷營業執照的，這種別說煙草，任何物品都不能經營；

8.一些擁有煙草專賣批發許可證的企業，將煙葉、濾嘴棒、煙草專用機械等涉及煙草生產的材料出售給沒有許可證的企業；

9.關于煙草專賣許可證上的登記事項發生改變，但是又拒絕變更登記的；

10.法律、法規規定的其他情形。

還有如用不正當手段獲得煙草專賣許可證的，一經查出煙草專賣局應予以撤銷并收回其煙草專賣許可證。

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