“三證合一”的營業執照注銷的具體清稅流程，“三證合一”登記制度的改革，改變了之前稅務登記證、工商營業執照、組織機構代碼證三證分別辦理的程序，將其更改為，提交材料在一個窗口辦理并且領取只一張營業執照的制度，這個制度的實施非常大程度的簡便了商事主體登記的流程，給廣大創業者節省了大量的時間。

一、首先，辦理納稅人攜帶注銷稅務登記資料到當地的辦稅服務廳提交注銷申請，領取填寫《清稅申報表》，若是在當地有繳納企業所得稅的納稅人還須填制《中華人民共和國企業清算所得稅申報表》（以及附表）。該部門人員核對各項資料之后將其推送到相關的注銷檢查的相關職能部門，同時將該納稅人的清稅申請信息提交給主管的地方稅務局。

二、其次，稅務檢查部門在確定申請納稅人沒有重大的違法行為之后，將檢查報告發回給辦稅服務廳。辦稅服務廳將國稅部門的檢查結果錄入稅收征管系統，之后傳遞到主管的地稅局，并且通知該申請的納稅人將存在的應納稅款、多退（免）稅款和滯納金、罰款等款項全部結清。納稅人攜帶發票領購簿、未開具的空白發票與稅控設備到辦稅服務廳，窗口工作人員把已經開具的發票驗舊、沒有開具的發票繳銷、收回發票的領購簿和稅控設備，來確保票款兩清無遺漏。

三、最后，部門稅務人員按照國稅、地稅的清稅結果，確認納稅人已結清所有稅務事項之后，把納稅人在稅收征管系統內的信息做注銷處理，并且向納稅人出具《清稅證明》，此證明為一式三份，納稅人一份，其可以憑《清稅證明》去辦理工商登記注銷。稅務機關將同時將清稅信息推送到工商、質檢、國稅喝地稅等相關部門的信息共享交換平臺中。

已取得“三證合一、一照一碼”企業的稅務注銷流程就此結束。至于納稅人簽署的委托劃款協議、防偽稅控等服務單位之間的業務往來，只要納稅人在稅務局注銷了稅務登記，就不需要再與服務單位交涉了。

“三證合一”后稅務登記的注銷的內容如上，對于（三證合一）未領用發票、沒有進行生產經營活動的納稅人，稅務機關將即時辦結，并且當場開具《清稅證明》。